Para a conservação da biota terrestre:

· Proteger 10% de cada fisionomia vegetal, com ênfase nos remanescentes da Floresta Estacional, formação vegetal menos conservada e protegida na Bacia.

· Concentrar os recursos das medidas compensatórias em áreas de importância para a biodiversidade regional, evitando-se a pulverização de recursos em pequenas áreas.

· Assegurar a preservação de alguns habitats no trecho médio do Taquari-Antas onde foi registrada a ocorrência de Callisthenia inundata, Lafoensia nummularifolia, Aspidosperma riedelli e Dickia sp, identificadas pela Fundação Zoobotânica, para evitar a extinção dessas espécies, com destaque para os seguintes locais:

  - áreas localizadas no trecho do rio das Antas, entre o Cachoeirão e a foz do arroio Mico (ocorrência das 3 espécies).
  - ilha localizada junto à foz do arroio Jabuticaba (alta concentração da espécie, Callisthene inundata);
  - área próxima ao barramento da UHE Monte Claro (passagem LT Pinto Bandeira / Veranópolis).

· Restabelecer os corredores biogeográficos, constituídos pelas zonas de contato da bacia do Taquari-Antas com as bacias do Uruguai e Litorânea:

  - Rios Carreiro e Ligeiro
  - Rio Taínhas
  - Rio Guaporé

· Estabelecer medidas de proteção dos habitats rupestres e das áreas úmidas localizadas nas partes altas do Planalto, nos municípios de Bom Jesus, Vacaria, São Francisco de Paula e Jaquirana, habitats de aves raras ou ameaçadas de extinção.