Quanto às principais fontes potenciais de poluição hídrica na área de drenagem da Bacia, são citados os animais de pequeno porte (suínos e aves), a população urbana, a precipitação atmosférica e as fontes difusas rurais. Animais de pequeno porte são a principal fonte de cargas de DBO e fósforo, enquanto a precipitação atmosférica e a população urbana são as principais fontes de nitrogênio e coliformes fecais, respectivamente (Benetti e Tucci, 2001).

Atualmente, a Bacia do Taquari-Antas possui um pequeno número de obras hidráulicas, as quais não produzem maiores impactos no escoamento da água dos rios e seus afluentes.

A FEPAM realiza o monitoramento da qualidade do rio das Antas e do rio Taquarí através de coletas trimestrais desde 1993. Tendo por base os dados gerados neste monitoramento podemos classificar a qualidade atual conforme Resolução CONAMA nº20/86:

- Rio das Antas, trecho superior, desde as nascentes até a ponte de Bom Jesus: CLASSE 1;
- Rio das Antas, trecho entre Nova Roma do Sul até Santa Teresa (entre a foz do rio Tega e a foz do rio Guaporé):CLASSE 2;
- Rio Taquarí, entre Encantado e Roca Sales:CLASSE 4;
- Rio Taquarí, trecho de Lajeado/Estrela até Bom Retiro do Sul:CLASSE 4;
- Rio Taquarí, na foz em Triunfo:CLASSE 2.

O mapa da classificação da qualidade atual das águas da Bacia encontra-se no Anexo 3.

Para o desenvolvimento deste trabalho, considerou-se como área de estudo a porção médio-superior da Bacia, compreendida entre as nascentes do rio das Antas e seus afluentes até a confluência deste com o rio Guaporé, área onde se localizam todas as alternativas de aproveitamento hidrelétrico previstos no inventário CEEE, 1993 (Mapa 3).