O Departamento de Qualidade Ambiental da FEPAM está estruturado com base na regionalização do Estado do RS em Regiões Hidrográficas, estabelecida pela Lei Estadual 10.350/1994, em seu artigo 38.

Região Hidrográfica do Uruguai: formada pelas bacias do extremo norte e oeste do Estado, que drenam diretamente para o Rio Uruguai (Apuaê / Inhandava – U10; Passo Fundo – U20; Várzea – U100; Turvo / Santa Rosa / Santo Cristo – U30; Ijuí – U90; Butuí / Piratinim / Icamaquã – U40; Ibicuí – U50; Quaraí – U60); a bacia do Rio Santa Maria (U70), que indiretamente também drena para o Rio Uruguai, através do Rio Ibicuí; e a bacia do Rio Negro (U80), que não drena para o Rio Uruguai, mas para a fronteira com o país vizinho.

Região Hidrográfica do Guaíba: formada pelas bacias da porção norte e central do Estado que drenam para o Lago Guaíba, o qual também foi subdividido em uma bacia individualizada (G80); as bacias que drenam para o lago são: Gravataí (G10), Sinos (G20), Caí (G30) e Baixo Jacuí (G70); outras bacias drenam para o Baixo Jacuí, são elas: Alto Jacuí (G50), Taquari-Antas (G40), Pardo (G90), Vacacaí e Vacacaí-Mirim (G60). O exutório de toda esta bacia é a Laguna dos Patos.

Região Hidrográfica do Litoral: formada pelas bacias do leste e do extremo sul do Estado. Nesta se individualizam dois corpos de água de expressão: a Laguna dos Patos e a Lagoa Mirim; algumas bacias desta região drenam diretamente para o Oceano Atlântico: Mampituba (L50), que é compartilhada com Santa Catarina, e Tramandaí (L10); para a Laguna dos Patos drenam as bacias do Camaquã (L30), Litoral Médio (L20) e Mirim -São Gonçalo (L40), sendo que, as duas últimas também drenam para o Oceano.

Fonte: Relatório Anual de Recursos Hídricos no RS (DRH – SEMA).